В соответствии со статьей 104 АПК РФ основания и порядок возврата или зачета государственной пошлины устанавливаются в соответствии с законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.
В соответствии с пунктом 1 статьи 333.40 Налогового кодекса Российской Федерации уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае:
1) уплаты государственной пошлины в большем размере, чем это предусмотрено главой 25.3 Налогового кодекса Российской Федерации;
2) возвращения заявления или жалобы или иного обращения или отказа в их принятии;
3) прекращения производства по делу или оставления заявления без рассмотрения;
4) отказа лиц, уплативших государственную пошлину, от совершения юридически значимого действия до обращения в арбитражный суд.
В соответствии с пунктом 3 статьи 333.40. Налогового кодекса Российской Федерации заявление о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины по делам, рассматриваемым в арбитражных судах, подается плательщиком государственной пошлины в налоговый орган по месту нахождения суда, в котором рассматривалось дело.
К заявлению о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины по делам, рассматриваемым в арбитражных судах, прилагаются решения, определения и справки судов об обстоятельствах, являющихся основанием для полного или частичного возврата излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины, а также подлинные платежные документы в случае, если государственная пошлина подлежит возврату в полном размере, а в случае, если она подлежит возврату частично, - копии указанных платежных документов.
Заявление о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы.
Возврат излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины производится в течение одного месяца со дня подачи указанного заявления о возврате.
В соответствии с подпунктом 3 пункта 1 статьи 333.40 Налогового кодекса Российской Федерации, частью 3 статьи 140, пунктом 3 части 7 статьи 141 АПК РФ в случае утверждения арбитражным судом мирового соглашения, если в мировом соглашении отсутствует условие о распределении судебных расходов и оно заключено не в процессе исполнения судебного акта, арбитражный суд возвращает истцу из федерального бюджета 50 процентов уплаченной им государственной пошлины, о чем указывается в определении арбитражного суда.
В соответствии с подпунктом 3 пункта 1 статьи 333.40 Налогового кодекса Российской Федерации, в случае прекращения производства по делу или оставления заявления без рассмотрения по основаниям, предусмотренным статьями 148, 150 АПК РФ, уплаченная государственная пошлина подлежит возврату.
Вместе с тем при прекращении производства по делу в связи с отказом истца (заявителя) от иска (заявления) следует учитывать, что государственная пошлина не возвращается, если установлено, что отказ связан с добровольным удовлетворением ответчиком (заинтересованным лицом) заявленных требований после подачи искового заявления (заявления) в арбитражный суд (абзац третий подпункта 3 пункта 1 статьи 333.40 НК РФ).
В этом случае арбитражный суд должен рассмотреть вопрос об отнесении на ответчика (заинтересованное лицо) расходов по уплате государственной пошлины исходя из положений статьи 110 АПК РФ с учетом того, что заявленные в суд требования фактически удовлетворены (п. 11 Постановления Пленума ВАС РФ от 11.07.2014 г. № 46 "О применении законодательства о государственной пошлине при рассмотрении дел в арбитражных судах").
Необходимо иметь в виду, что в соответствии с пунктом 6 статьи 333.40. Налогового кодекса Российской Федерации плательщик государственной пошлины имеет право на зачет излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины в счет сумм государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия.
Заявление о зачете суммы уплаченной (взысканной) государственной пошлины может быть подано в течение трех лет со дня принятия соответствующего решения суда о возврате государственной пошлины из бюджета или со дня уплаты этой суммы в бюджет. К заявлению о зачете суммы излишне уплаченной (взысканной) государственной пошлины прилагаются: решения, определения и справки судов, а также платежные поручения или квитанции с подлинной отметкой банка, подтверждающие уплату государственной пошлины.
При этом необходимо иметь в виду, что возможен зачет излишне уплаченной (взысканной) государственной пошлины, в связи с рассмотрением дела в любом из арбитражных судов Российской Федерации (абз. 3 п. 3 Постановления Пленума ВАС РФ от 11.07.2014 г. № 46 "О применении законодательства о государственной пошлине при рассмотрении дел в арбитражных судах").